COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 7.429066 7.429066 6.605212
2021-05-23 17:00:00 6.192358 6.192358 6.713197
2021-05-22 17:00:00 5.620896 5.620896 6.755340
2021-05-21 17:00:00 6.482149 6.482149 6.860478
2021-05-20 17:00:00 7.271046 7.271046 6.982200
2021-05-19 17:00:00 6.389102 6.389102 7.110457
2021-05-18 17:00:00 5.691421 5.691421 7.225709

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 5.281690 1.414427 5.709379
2021-05-23 17:00:00 6.390977 6.390977 5.778310
2021-05-22 17:00:00 11.149826 11.149826 5.869631
2021-05-21 17:00:00 7.419712 7.419712 6.107047
2021-05-20 17:00:00 5.865658 5.865658 6.171903
2021-05-19 17:00:00 6.159110 6.159110 6.412394
2021-05-18 17:00:00 2.709360 2.709360 6.452583

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 3.448276 13.481829 12.876029
2021-05-23 17:00:00 11.692308 11.692308 13.242208
2021-05-22 17:00:00 14.757709 14.757709 13.522432
2021-05-21 17:00:00 14.761905 14.761905 13.845849
2021-05-20 17:00:00 12.240185 12.240185 14.087964
2021-05-19 17:00:00 13.163065 13.163065 14.507252
2021-05-18 17:00:00 14.482759 14.482759 14.641286

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 5.733006 2.753737 6.523419
2021-05-23 17:00:00 6.490952 6.490952 6.692154
2021-05-22 17:00:00 6.333596 6.333596 6.699271
2021-05-21 17:00:00 9.270795 9.270795 6.806254
2021-05-20 17:00:00 11.998175 11.998175 7.009379
2021-05-19 17:00:00 7.658717 7.658717 7.204153
2021-05-18 17:00:00 4.011887 4.011887 7.351691

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 19.599218 6.388411 6.598365
2021-05-23 17:00:00 6.525353 6.525353 6.863336
2021-05-22 17:00:00 5.636472 5.636472 6.880810
2021-05-21 17:00:00 6.096506 6.096506 7.076682
2021-05-20 17:00:00 8.745452 8.745452 7.210866
2021-05-19 17:00:00 5.835788 5.835788 7.319503
2021-05-18 17:00:00 6.250653 6.250653 7.494838

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 25.609756 25.609756 15.175051
2021-05-23 17:00:00 13.230088 13.230088 15.215183
2021-05-22 17:00:00 10.695187 10.695187 15.182788
2021-05-21 17:00:00 19.807692 19.807692 15.378124
2021-05-20 17:00:00 18.627057 18.627057 15.817052
2021-05-19 17:00:00 11.322057 11.322057 16.031756
2021-05-18 17:00:00 11.293074 11.293074 16.287847

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 0.468384 2.958125 2.808680
2021-05-23 17:00:00 2.211127 2.211127 2.829575
2021-05-22 17:00:00 2.380952 2.380952 2.883410
2021-05-21 17:00:00 3.064516 3.064516 2.903061
2021-05-20 17:00:00 3.261734 3.261734 3.061641
2021-05-19 17:00:00 3.036876 3.036876 3.170383
2021-05-18 17:00:00 3.120357 3.120357 3.292393

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 5.368634 2.180406 3.136663
2021-05-23 17:00:00 3.967720 3.967720 3.178683
2021-05-22 17:00:00 3.135314 3.135314 3.226113
2021-05-21 17:00:00 3.569804 3.569804 3.306170
2021-05-20 17:00:00 3.884171 3.884171 3.374437
2021-05-19 17:00:00 2.917971 2.917971 3.444844
2021-05-18 17:00:00 2.560706 2.560706 3.518759

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 4.983660 4.983660 4.245760
2021-05-23 17:00:00 5.405405 5.405405 4.207366
2021-05-22 17:00:00 3.506721 3.506721 4.217796
2021-05-21 17:00:00 3.264925 3.264925 4.339292
2021-05-20 17:00:00 5.433186 5.433186 4.402156
2021-05-19 17:00:00 4.624592 4.624592 4.559255
2021-05-18 17:00:00 4.145078 4.145078 4.704922

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 3.570404 5.644392 5.695887
2021-05-23 17:00:00 5.629008 5.629008 5.723351
2021-05-22 17:00:00 5.434141 5.434141 5.808319
2021-05-21 17:00:00 5.704856 5.704856 5.921937
2021-05-20 17:00:00 6.853434 6.853434 6.094194
2021-05-19 17:00:00 6.017358 6.017358 6.235613
2021-05-18 17:00:00 4.999582 4.999582 6.331518

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 12.803532 3.323782 6.756344
2021-05-23 17:00:00 5.664373 5.664373 7.071244
2021-05-22 17:00:00 7.598784 7.598784 7.124859
2021-05-21 17:00:00 10.817455 10.817455 7.354750
2021-05-20 17:00:00 9.884527 9.884527 7.511623
2021-05-19 17:00:00 6.243996 6.243996 7.667819
2021-05-18 17:00:00 6.233062 6.233062 7.716722

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 0.609756 0.609756 1.263528
2021-05-23 17:00:00 1.145038 1.145038 1.377587
2021-05-22 17:00:00 0.797872 0.797872 1.411239
2021-05-21 17:00:00 1.906780 1.906780 1.508753
2021-05-20 17:00:00 1.271186 1.271186 1.607479
2021-05-19 17:00:00 1.732283 1.732283 1.830368
2021-05-18 17:00:00 0.748130 0.748130 1.902060

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 6.463878 6.463878 8.151209
2021-05-23 17:00:00 8.536585 8.536585 7.918377
2021-05-22 17:00:00 4.483837 4.483837 8.297150
2021-05-21 17:00:00 7.810321 7.810321 8.510332
2021-05-20 17:00:00 8.558559 8.558559 8.395966
2021-05-19 17:00:00 11.146497 11.146497 8.717202
2021-05-18 17:00:00 9.615385 9.615385 8.652792

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 8.771930 2.557545 4.403565
2021-05-23 17:00:00 7.951070 7.951070 4.492384
2021-05-22 17:00:00 2.507837 2.507837 4.493590
2021-05-21 17:00:00 3.968254 3.968254 4.576564
2021-05-20 17:00:00 5.106888 5.106888 4.672142
2021-05-19 17:00:00 6.990521 6.990521 4.845618
2021-05-18 17:00:00 4.986150 4.986150 5.014244

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 4.360346 7.738850 7.895236
2021-05-23 17:00:00 7.504846 11.077264 7.941497
2021-05-22 17:00:00 6.973501 6.973501 7.847906
2021-05-21 17:00:00 8.063192 8.063192 7.932326
2021-05-20 17:00:00 7.928532 7.928532 8.071825
2021-05-19 17:00:00 9.170228 9.170228 8.321969
2021-05-18 17:00:00 7.557938 7.557938 8.443358

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 8.852868 46.820449 21.145685
2021-05-23 17:00:00 23.702422 33.391003 21.174768
2021-05-22 17:00:00 17.631463 17.631463 20.971547
2021-05-21 17:00:00 16.598454 16.598454 21.006678
2021-05-20 17:00:00 21.012520 21.012520 21.171916
2021-05-19 17:00:00 23.044172 23.044172 21.119085
2021-05-18 17:00:00 13.218577 13.218577 21.122136

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 3.021148 3.021148 2.385966
2021-05-23 17:00:00 1.519757 1.519757 2.429760
2021-05-22 17:00:00 1.640881 1.640881 2.471553
2021-05-21 17:00:00 2.754098 2.754098 2.614542
2021-05-20 17:00:00 2.317554 2.317554 2.664505
2021-05-19 17:00:00 2.740270 2.740270 2.793599
2021-05-18 17:00:00 3.242956 3.242956 2.905561

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 7.840697 7.840697 6.391873
2021-05-23 17:00:00 5.026399 8.553326 6.257187
2021-05-22 17:00:00 5.774625 5.774625 6.242542
2021-05-21 17:00:00 5.840540 5.840540 6.268626
2021-05-20 17:00:00 5.616126 5.616126 6.320038
2021-05-19 17:00:00 7.826087 7.826087 6.393972
2021-05-18 17:00:00 5.415020 5.415020 6.650507

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 7.531509 5.700639 5.553445
2021-05-23 17:00:00 5.994037 5.994037 5.586172
2021-05-22 17:00:00 4.826749 4.826749 5.620785
2021-05-21 17:00:00 5.372807 5.372807 5.682864
2021-05-20 17:00:00 6.859737 6.859737 5.805314
2021-05-19 17:00:00 5.160412 5.160412 5.887399
2021-05-18 17:00:00 4.663462 4.663462 5.919851

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 5.882353 7.154882 6.896999
2021-05-23 17:00:00 6.451613 6.451613 7.066760
2021-05-22 17:00:00 6.779661 6.779661 7.128820
2021-05-21 17:00:00 7.922535 7.922535 7.335619
2021-05-20 17:00:00 7.246377 7.246377 7.969164
2021-05-19 17:00:00 6.518724 6.518724 8.183228
2021-05-18 17:00:00 8.984375 8.984375 8.663631

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 17.857143 17.857143 10.572340
2021-05-23 17:00:00 8.426966 8.426966 10.449151
2021-05-22 17:00:00 12.444444 12.444444 10.164772
2021-05-21 17:00:00 9.090909 9.090909 10.845956
2021-05-20 17:00:00 12.587413 12.587413 11.279865
2021-05-19 17:00:00 11.979167 11.979167 11.601537
2021-05-18 17:00:00 3.103448 5.341246 11.727675

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-24 17:00:00 11.709602 11.709602 9.663117
2021-05-23 17:00:00 7.319758 15.079802 9.675358
2021-05-22 17:00:00 5.958747 5.958747 9.692974
2021-05-21 17:00:00 10.406381 10.406381 9.954085
2021-05-20 17:00:00 10.180681 10.180681 10.056403
2021-05-19 17:00:00 10.649185 10.649185 10.295298
2021-05-18 17:00:00 10.457963 10.457963 10.537048

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 5.281690 1.414427 5.709379
Basilicata 3.448276 13.481829 12.876029
Calabria 5.733006 2.753737 6.523419
Campania 19.599218 6.388411 6.598365
Emilia-Romagna 25.609756 25.609756 15.175051
Friuli Venezia Giulia 0.468384 2.958125 2.808680
Lazio 5.368634 2.180406 3.136663
Liguria 4.983660 4.983660 4.245760
Lombardia 3.570404 5.644392 5.695887
Marche 12.803532 3.323782 6.756344
Molise 0.609756 0.609756 1.263528
P.A. Bolzano 6.463878 6.463878 8.151209
P.A. Trento 8.771930 2.557545 4.403565
Piemonte 4.360346 7.738850 7.895236
Puglia 8.852868 46.820449 21.145685
Sardegna 3.021148 3.021148 2.385966
Sicilia 7.840697 7.840697 6.391873
Toscana 7.531509 5.700639 5.553445
Umbria 5.882353 7.154882 6.896999
Valle d'Aosta 17.857143 17.857143 10.572340
Veneto 11.709602 11.709602 9.663117

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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